Séquençage ADN avec nanoporo donne ses premiers résultats
Les chercheurs d'Oxford Nanopore Technologies ont présenté les premiers résultats obtenus avec un dispositif de séquençage ADN en passant par un nanopore. Selon eux, avec ce dispositif on pourra séquencer un génome humain complet en 15 minutes.
L'idée est ancienne, des années 90. L'ADN se fait passer par un nanopore protéique intégré dans une membrane. Par le nanopore le courant électrique circule et chaque base d'ADN produit une variation différente dans ce courant. La mesure de ces changements permet de connaître la séquence ADN qui passe par le nanopore.
Cette technique a plusieurs avantages. D'une part, il nécessite beaucoup moins de travail préparatoire que d'habitude; entre autres choses, il n'est pas nécessaire d'amplifier l'ADN, il suffit de le mettre dans une solution. D'autre part, séquence et en temps réel filaments beaucoup plus longs que les séquenceurs actuels. En outre, il n'affecte pas l'ADN séquencé et le laisse en mesure d'effectuer plus d'analyse.
La mise au point de la technique a pris environ vingt ans, mais ceux d'Oxford ont réussi: Avec le séquenceur appelé GridION, ils séquencent le génome du bactériophage Phi X. Le lancement de GridION commencera à partir du milieu de l'année, avec l'intention de commercialiser une version miniaturisée (taille USB) et bon marché (environ 700 euros) appelée MinION.
La première version de Gridion aura 2.000 nanoporos, mais pour l'année prochaine il est prévu de sortir 8.000. En outre, les dispositifs peuvent être reliés entre eux et avec 20 dispositifs de 8.000 nanopores il serait possible de séquencer un génome humain en 15 minutes.
Cependant, le séquenceur a un point faible: Il a une erreur de 4%, c.-à-d., lit incorrectement 4 sur 100 nucléotides. Cependant, les chercheurs ont noté que l'objectif est de réduire cette erreur de commercialisation entre 0,1 et 1%.
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