Plinio-ren garaitik landareak nahiz animaliak ikertzea etena zegoen. XVI. mendean, ordea, sei ikertzailek hartu zuten ardura hau beren gain. Beren lanak XVI. mendearen hasieratik XVII.aren hasiera arte iraun zuen. Dena dela, helburu nagusia alor honetako antzinako jakinduria pilatzea baino ez zen izan. Gai honetan ikerketa berriak aurkitzeko beste garai batera arte itxaron beharra dago.
Errenazimentuan zehar sendagile humanisten eskola bat sortu zen. Eskola honetakoek zera proposatzen zuten: Erdi Aroko medikuntzatik (hau batez ere sendagile grekoen eritzi batzuetatik, sarritan idazki arabiarren bitartez jasota ateratako ondorio batzuen bilduma baino ez zen) arreta kendu eta iturrietara jo, hau da, Hipokrates nahi Galenoren lanak arakatu. Zer esanik ez, joera honek jakinduriaren langak asko zabaldu zituen, baina behin ezaguera hauek finkatu ondoren, berriro ere sendagileak autoritateen esanetara mugatu ziren gehienetan.
Egoera hura gainditu zenean eta pertsona berriz ere behatzen, pentsatzen eta bere kabuz ikertzen hasi zenean, medikuntza alkimiatik jaiotzen ari zen kimikarekin uztartu zen. Horrela, kimika ikasten zuten sendagileen eskola berri bat abiatu zen; iatrokimika rena, alegia.
Arabiarren alkimia eta kimika Europara Goi-Erdi Aroan iritsi ziren eta batzuengan (hala nola Francis Bacon-engan) eragin handia izan zuten. Arabiarrek teoria pitagorikoa hartu eta egokitu egin zuten. Gauzen elementu primarioak ez substantzietan ez eta gauzen printzipioetan edo kualitateetan aurkitzen direla onartzen zuten. Ildo honetatik joanez, printzipioak hiru zirela kontsideratzen zuten, hots, sufrearena edo sua, merkurioarena edo isurmena eta gatzarena edo solidotasuna. Teoria hau beste zenbait ezagumendu arabiarrekin zabaldu zen Europan XV. mendean.
Teoria hau ikustean, grekoen lau elementuena bezalaxe suaren ekintza misteriotsua adierazteko sortu zela gogoratu behar dugu. Sufre hitzak ez zuen gaurko izen bereko elementua (bere pisu eta gainerako berezitasunekin) adierazten; edozein gorputzek daukan erretzeko ahalmena baizik. Merkurioa k likido-eran isurtzen den guztia adierazten zuen eta gatzak kondar solidoak ordezkatzen zituen. Elementu hauei XV. mendearen bigarren erdian bizitzaren printzipioa gehitu zioten alkimista batzuek. Beste batzuek, aldiz, zeruko bertutea , non bere bitartez Unibertsoko gidariak munduko fenomenoak gobernatzen bait zituen. Ideia hauek kimikaren bitartez medikuntzara iragan ziren.
Giro hartan gizon berezi bat agertu zen; Hohenheim-eko Theophrastus, alegia, (1490-1541). Suitzar doktore honek Galenoren eskola (klasiko eta ortodoxoa) eten egin zuen. Tirol aldeko meategietan harriak, mineralak, nahiz aparatu mekanikoak eta meategietan gertatzen diren istripuak eta gaixotasunak ikertu zituen. Geroago Europako parte handi bat korritu zuen herrialde desberdinetako gaixotasunak eta sendabideak estudiatuz. Horren ondoren Basileako medikuntz katedra erdietsi zuen eta bertan bere gogoaren kontra izen berria ezarri zioten: Paracelsus, alegia, erromatarren garaiko Celsus izeneko sendagile ospetsuaren izenetik eratorria dirudienez. Basilean bertako zenbait sendagilek kontra egin zion eta urtebete geroago handik alde egin behar izan zuen.
Medikuntzan Paracelsus Galeno eta Avicena alde batera utzi ondoren, arazo medikoetan bere behaketen eta ikerketen ondorioak erabiltzen hasi zen. Bere eritziz, sendagilearen benetako maixua ez da adimenean hausnar daitekeena; begiek ikusi eta eskuek uki dezaketena, baizik.
Paracelsusek medikuntzan kimika erabilita aurkikuntza kimiko asko egin zuen. Adibidez, airea oso gauza konplexua zela konturatu zen eta kaos izena eman zion. Sufre izen orokorraren azpian bitrioloaren estraktotik ateratako substantzia bat dago, hots, eterra dena. Bere hitzez esanda, zapore goxoa dauka, txitoek ere jan egiten dute, ondorioz epe luzexka batez lo gelditzen dira eta gero inongo gaitzik izan gabe iratzartzen dira. Beraz, eterraren propietate anestesikoaz ohartu zen, baina ez bere balioez. Alkoholaren gainetik bitriolo-olioaren —azido sulfurikoaren— eraginez lortutako eterra lehen aldiz Valerius Cordus-ek (1515-1544) lortu zuen. Medikuntzan doktore eta botanikari honek, bere prozeduraren berri zehatza ematen digu; alkimiatik kimikara iragan zenaren seinale hain zuzen.
Paracelsusen jarraitzaileek, Galenorenek ez bezala, droga kimikoak erabiltzen zituzten medikuntzan. Droga onuragarri berri batzuk aurkitu zituzten eta baita bide batez ezagumendu kimikoak zabaldu ere. Hauen artean Biringuccio (ikerketa mineralogikoaz arduratu zena) Agricola eta Van Helmont aipatu behar ditugu. Azkeneko honek aire-itxurako substantzia desberdinak bazirela konturatuz, gas izena asmatu zuen (Paracelsusen kaose tik eratorrita).
Medikuntzari aurkikuntza fisiko berriak lehen aldiz egokitu zizkiona Sanctorius (1561-1636) izan zen. Honek, Galileoren termometroa egokitu zuen giza gorputzaren tenperatura neurtu ahal izateko eta pultsazioen erritmoak konparatzeko tresna berezi bat asmatu zuen. Bestalde, baskula batez bere burua pisatuz giza gorputzak jasaten dituen pisu-aldaketak aztertu zituen eta, nahiz eta etzanda egon, pisua galtzen duela egiaztatu zuen. Bere ustez galera hori ikusten ez den izerleka edo transpirazioaren ondorioa da. Zalantzarik gabe, alkimistek fisikariei eta kimikariei eman zieten opari bikainena balantza zen.
Paracelsusen lanak ikertu zituen izen handiko beste gizon bat Franciscus Sylvius (1614-1672) izan zen. Honek kimika medikuntzaren arloan erabili zuen eta lehen aipatu dugun eskola berri bat sortu zuen: iatrokimikoa , alegia. Bere eritziz osasuna gorputzaren likidoen orekan oinarritzen zen. Likido hauek batzuek azidoak eta alkalinoak besteak ziren eta beren konbinazioen bitartez substantzia neutro bat ematen zuten. Teoria honek garrantzi handia dauka, zeren historian su-fenomenoetan oinarritzen ez den lehenengo teoria kimiko orokorra bait da. Bestalde, geroago honetan funtsaturik afinitatearen kontzeptu kimikoa eraiki zen eta baita gatzak azidoen eta baseen arteko konbinazioaren bitartez sortzen direla ere.
Europan giza gorputzen disekzioa XIII. mendera arte ez zen egiten. Mende honetan eta Galenoren idazkiak nahiz zenbait arabiarrenak aztertu ondoren, anatomia martxan jarri zen berriro. Alor honetan agertzen den ospe handiko lehen izena, Mondino —1327an hil zena— da. Baina geroago berriro ere lozorroan mantendu zen anatomia, nahiz eta unibertsitateetako medikuntz ikasketan disekzioak bere tokia izan. Galeno, Avicena eta Mondinok esandakoaren arabera lan egiten zen, beste inongo urrats edo aurkikuntza berririk izan gabe.
Beraz, eta Leonardo da Vinciren idazkiak alde batera uzten baditugu, bere garaian ez zuten inongo eraginik lortu eta, XV. mendearen bukaera arte itxaron behar da anatomiak aurrerapena lor dezan. Garai honetan Manfredik autoritate batzuen eta egindako behaketa batzuen arteko konparazioa egin zuen. Baina, benetan anatomia nahiz fisiologia modernoari hasiera eman ziona Jean Fresnel (1497-1558) izan zen. Mediku, filosofo eta matematikari honek 1542an De abditis rerum causis argitaratu zuen.
Honen eraginez Andreas Vesalius (1515-1564) izeneko flandestarrak, Galeno alde batera utzita, anatomiari buruzko De humani corporis fabrica liburua idatzi zuen. Bertan ez Galenok eta ez Mondinok esandakoak ez dira kontutan hartzen. Berak disekzioakeginez egiazta zezakeena bakarrik zekarren. Aurrerakuntza handiak egin zituen; hezur, zain, garun eta abdomen-organoetako esparruetan bereziki. XVI. mendearen bukaerarako anatomiak antzinako autoritateekiko kateak apurtuta zeuzkan. Zientzia biologikoen artean uztarri hau hautsi zuen aurrena da.
Fisiologiak beste horrenbeste egiteko denbora gehiago behar izan zuen, Galenoren doktrinak ondo lotuta zeukan eta. Honen arabera, arteri odolak eta zain-odolak (bi odol-mota desberdin izanik) bihotzak bultzatutako bi korronte desberdin osatzen zituzten. Hauek gorputzaren ehunetara bizi-izpirituak eta izpiritu naturalak eramaten zituzten.
Migel Servet (1511-1533) mediku tuterarrak, zeina Calvinok bere eritzi heterodoxoengatik kondenatu eta erre erazi bait zuen, biriken barnetikako odolaren zirkulazioa aurkitu zuen, baina bihotzak odol-fluxua nola mantentzen duen ez zuen argitu. Horretarako William Harvey (1578-1657) etorri arte itxaron beharko dugu. Honek Ingalaterran eta kanpoan (Paduan, bereziki) ikasi ondoren, berriro Ingalaterrara itzuli zen bertan mediku gisa aritzeko.
Han erregearen zerbitzuan hasi eta hark bere ikerketetarako behar zituen animalia guztiak eskaintzen zizkion. Besteak beste, arrautza barneko txiten garapena aztertu zuen eta baita beren bihotzen taupadak ere. 1628an bihotzari buruzko Exercitatio anatomica de motu cordis et sanguinis liburuxka argitaratu zuen eta, nahiz eta liburua txikia izan, bertan urte askotan zehar animalia biziez eta gizakiez egindako behaketen emaitzak azaldu ziren, izugarrizko eragina lortuz. Berehala Galenoren fisiologia maldan behera hasi zen.
Harvey-k honakoa hatzeman zuen: taupada bakoitzean bihotzak bultzatzen duen odol-kopurua orduerdi batean ematen den taupada-kopuruaz biderkatuz, bihotzak gorputzak daukan odola guztia mugitzen duela. Honetan oinarrituta, odolak, nola edo hala, bihotzera berriro itzultzeko arterietatik zainetara pasatu behar duela ondorioztatu zuen. Hau da, odolak benetako higidura zikularra osatzen duela, hots, zirkulazio bat.
Gaur egun hain erraza iruditzen zaigun fenomeno honen meritua ulertzeko, garai hartan indarrean zeuden sinesmenak hartu behar ditugu kontutan: gorputzeko funtzioak adierazteko onartzen ziren bizi-izpirituak nahiz izpiritu naturalak edo animali izpirituak , alegia. Harvey-ren lanak izugarrizko haustura ekarri zion izpirituen mundu horri. Bere bigarren lanean, De Generatione Animalium izenekoan, enbriologiaren arloan Aristotelesen garaiaz gero emandako aurrerapauso handiena burutu zen.
Harvey-ren lanak osatzea eta erabat egiaztatzea, mikroskopio konposatua asmatu eta fisiologiaren lanetan erabili zenean lortu zen. Mikroskopio hori 1590. urte inguruan Janssen-ek eraiki zuen. Hasierakoek ematen zuten imajina oso desitxuratua zen; asko handiagotzea lortu nahi izan bait zuten. Baina 1650.aren inguruan, akats gehienak zuzendu ondoren, ikerketarako benetako lanabes baliotsu bihurtu zen.
1661.ean Boloniako Malpighi-k mikroskopiaren bitartez biriken egitura arakatu zuen eta trakearen adarrak aireak zabaltzen dituen hodi txikietan bukatzen direla (non hodi horien gainazaletatik arteria eta zain-sare bat bait dago) zioen. Ikertzaile honek beste guruin eta organo asko mikroskopioz aztertu zituen, beren egiturari eta funtzioari buruz argibide sakonak lortuz. Harvey-k odolak ehunetatik zirkulatzen duela frogatu bazuen ere, Malpighi-k ehun hauen egitura eta zirkulazio horren mekanismoa aurkitu zituen.
Odol-zirkulazioaren ikerketak berez arnasketaren arazoa plazaratu zuen. Birikek hauspo baten antzera funtzionatzen dutela ikusiz, erreketarekin dagoen analogiaz pentsatu zuten. 1617an Fludd-ek ur-gainazal batean buruz behera jarritako beirazko baso batean substantzia batzuk erretzean aireak bere bolumenaren parte bat galdu egiten zuela eta orduan garra itzali egiten zela ikusi zuen. Horretan oinarrituta, pixka bat geroago Borelli-k animaliak hutsean hil egiten direla egiaztatu zuen. Mekanikan oinarrituta arnasketaren funtzionamendua ere adierazi zuen.
Garunaren fisiologiak nahiz nerbio-sistemarenak, oso aurrerakuntza txikiak egin zituzten garai hartan eta XVIII. mendera arte alor hau nahikoa atzeratuta gelditu zen.
Zenbait gaixotasun sendatzeko landareen ahalmena ezaguna zen betidanik. Dena dela, jakintza-mota honek Erdi Aroan zehar monastegietan izan zuen bere kabia berezia. Garai hartan zegoen sinesmenaren arabera, landareen hostoen itxurek eta loreen koloreek Jainkoak zertarako sortu zituen adierazten zituzten. Adibidez, hosto baten itxura giltzurdinarena bazen, landare hori nefritisa sendatzeko zen egokia.
Errenazimentuan bizi-maila igotzearekin batera, lorategiak monastegietan ezezik jauregi nahiz etxe aberatsetan ere ugaldu egin ziren. Ondorioz, XVI. mendean botanikak aurrerakuntza izan zuen.
Antzinako botanikarien (Alberto Magnus eta Rufinoren, adibidez) lanak ahaztuta zeudenez gero, hutsetik abiatu behar izan zen berriro. Valerius Cordus (1515-1544) izeneko botanikaria behaketez arduratu zen eta lortutako guztia zehatz-mehatz jaso zuen. Garai hartan belar-liburu batzuk argitaratu ziren, gehienak Dioskorides-en lanean oinarriturik. Bertan landareen deskribapena egiteaz gain, sukalderako nahiz sendabiderako zituzten propietateak agertzen ziren. 1551n William Turner-ek belarrei buruz liburu bat idatzi zuen eta egile hau aurrenetako naturalistatzat kontsidera daiteke.