Melatonina gaur egun modan dago, baina bere arriskuak ere badituela gogorarazi du duela gutxi EEBBetako Osasun Institutu Nazionalak. Hormona honek dituen eragin kaltegarri batzuk hauek dira: hipotermia eragitea, depresioa areagotzea, garuneko arterietako baso-uzkurdura sorraraztea, gizonengan titiak ikaragarri handiagotzea, estrogenoekin elkarrekintzak izatea, etab.